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学术科研

宋宝兴博士作“AnchorWave:一个利用共线性进行基因组序列比对的工具”学术报告

发布日期:2022-03-12 发表者:陈治国 浏览次数:



   (图文|肖培轩  审核|焦文标)3月11日上午,学院2022年第3期“happy hour”活动在腾讯会议平台顺利举行。来自美国康奈尔大学宋宝兴博士应邀作了题为“AnchorWave:一个利用共线性进行基因组序列比对的工具”的学术报告。交流会由焦文标研究员主持,不同学院近50名师生参加并进行了热烈讨论。


   首先,焦文标研究员对宋宝兴博士进行了介绍。宋宝兴博士,硕士毕业于西北农林科技大学动物医学院,博士毕业于德国马克思普朗克植物育种研究所和科隆大学,目前在美国康奈尔大学Edward Bucker课题组进行博士后工作,主要从事农作物和模式植物的比较基因组学和数量遗传学研究。


   宋宝兴博士先介绍了基因组比对工具的研究现状。他指出当前比对工具主要针对动物基因组开发,应用于植物基因组时,其结果往往和其他生物学研究结果相差甚远。接着,宋博士分别就全基因组复制、功能元件核心motif和转座子重复序列三个方面解释了当前比对工具的不足之处。为解决这些难题,宋博士课题组最近开发了一个新的比对工具:AnchorWave。接着,宋宝兴博士介绍了AnchorWave工具背后的算法原理;并展示了多个AnchorWave的使用案列,显示AnchorWave相较于minimap2、MUMmer等主流的基因组比对软件效果更优或相当。最后,宋博士指出AnchorWave不仅有较高的比对率,而且能够产生符合全基因复制进化预期的序列比对深度,显著提高调控序列区域的比对率,并降低转座子区域的假阳性。据悉,宋博士的本次报告的主要内容以“AnchorWave: Sensitive alignment of genomes with high sequence diversity, extensive structural polymorphism, and whole-genome duplication”为题,最近发表在国际知名学术期刊 Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) 上。


   报告结束,宋宝兴博士对老师和同学们提出的一些细节问题,如anchor的具体识别方法,是否可以用一个函数替代当前的2-piece affine cost策略,以及AnchorWave如何对多个基因组进行比对等问题进行了回答。另外,有同学对当前新冠疫情之下国外留学的处境比较感兴趣,宋宝兴博士根据个人经历做了相关分享。最后,焦文标研究员对报告内容进行了总结,本次Happy hour交流活动愉快结束。